Xã Cần Yên nằm ở phía tây bắc huyện Hà Quảng, có vị trí địa lý:

• Phía đông giáp xã Sóc Hà
• Phía tây giáp xã Cần Nông
• Phía nam giáp xã Lương Thông
• Phía bắc giáp Trung Quốc.

Xã Cần Yên có diện tích 45,93 km², dân số năm 2019 là 2.831 người, mật độ dân số đạt 62 người/km².[2]

Trên địa bàn xã Cần Yên có các ngọn núi: Chợ Cũ, Lũng Vai, Phia Nọi, Phia Bủng, Lũng Chi, Thiêng Nưa cùng dãy núi Lũng Nhằm, dãy núi Pò Mình; có thung lũng Mười, thung lũng Nà Khau Siểm, thung lũng Nà Toàn và đồi Pò Mản.

Sông Nà Thin, suối Nặm Đông và suối Bản Ngẳm và suối Nà Rì chảy qua địa bàn xã Cần Yên.

Cần Yên có tỉnh lộ 204 chạy qua và nối đến biên giới với Trung Quốc, có cầu Nà Pàng và cầu Tả Chia. Đồn biên phòng Cần Yên quản lý tuyến biên giới của xã.